Sau khi tốt nghiệp đại học, Benazir Bhutto trở về Pakistan giữa lúc cha của bà bị tống giam rồi bị xử tử, còn bà liền bị quản thúc tại gia. Đến năm 1984, bà được phép quay lại Anh, và trở thành thủ lĩnh đối lập lưu vong của Đảng Nhân dân Pakistan (PPP) của cha, nhưng không có ảnh hưởng đáng kể nào trong nước cho đến khi Tướng Muhammad Zia-ul-Haq qua đời. Benazir Bhutto kế nhiệm mẹ lãnh đạo PPP và khối dân chủ đối lập với chính quyền Tổng thống Zia ul-Haq.

Ngày 16 tháng 11 năm 1988, trong cuộc bầu cử đầu tiên trong một thập niên, đảng PPP của Bhutto trở thành chính đảng giành nhiều ghế nhất tại Quốc hội. Ngày 2 tháng 12, Bhutto tuyên thệ nhậm chức Thủ tướng liên minh cầm quyền ở tuổi 35, trở thành chính khách trẻ tuổi nhất và là người phụ nữ đầu tiên trong lịch sử đương đại lãnh đạo chính phủ tại một nước có đa số dân theo Hồi giáo. Cũng trong năm ấy, tạp chí People chọn Bhutto vào danh sách "Năm mươi người đẹp nhất".

Chính phủ Bhutto bị bãi nhiệm theo những cáo buộc tham nhũng mà bà bác bỏ. Benazir chưa bao giờ bị xét xử theo những tội danh này. Nawaz Sharif, người được Zia đỡ đầu, lên nắm quyền. Năm 1993, Bhutto tái đắc cử nhưng lại bị bãi nhiệm trong năm 1996 vì những cáo buộc tương tự. Tổng thống Farooq Leghari sử dụng tu chính án thứ tám để giải tán quốc hội và tổ chức bầu cử. Tối cao Pháp viện phê chuẩn quyết định của Leghari bằng một phán quyết có 6 phiếu thuận và 1 phiếu chống.

Phe chống đối Benazir thường thuộc thành phần thế lực người Punjab và các gia đình chủ đất, khi bà đẩy mạnh các cải cách quốc gia chống tầng lớp phong kiến mà theo cáo buộc của bà, là nguyên nhân gây ra tình trạng bất ổn tại Pakistan.

Chính sách về phụ nữ

Suốt trong chiến dịch bầu cử, chính phủ Bhutto bày tỏ sự quan tâm đối với các vấn đề xã hội và y tế liên quan đến phụ nữ, cũng như thái độ kỳ thị đối với phụ nữ. Bhutto công bố kế hoạch thiết lập các đồn cảnh sát và tòa án phụ nữ, cùng các ngân hàng phụ nữ. Song Bhutto không chịu đệ trình dự luật nào nhằm cải thiện các dịch vụ phúc lợi cho phụ nữ. Tương tự, bất kể những lời hứa hủy bỏ các đạo luật hạn chế quyền phụ nữ tại Pakistan (như luật Hudood và Zina), trong hai nhiệm kỳ thủ tướng của Bhutto, đảng của bà đã không thực hiện những lời hứa đã được đưa ra trong thời gian tranh cử, một phần là do áp lực từ phe đối lập.

Chỉ sau khi mất chức thủ tướng, đảng của Bhutto mới vận động thu hồi luật Zina (quy định những trừng phạt nghiêm khắc đối với người phạm tội ngoại tình), trong lúc chính phủ Tướng Musharaf cầm quyền. Nhưng nỗ lực này bị đánh bại bởi các đảng phái tôn giáo cánh hữu đang kiểm soát quốc hội.

Taliban

Trong thời gian Bhutto cầm quyền tại Pakistan, Taliban nổi lên như một thế lực mới tại Afghanistan, và tiến chiếm quyền lực tại Kabul vào tháng 9 năm 1996. Bhutto xem Taliban là một lực lượng có thể ổn định Afghanistan và mở đường thông thương mậu dịch đến các nước Trung Á. Chính quyền Bhutto cung cấp những hỗ trợ tài chính và quân sự cho Taliban, ngay cả việc gởi một đơn vị quân sự đến Afghanistan. Nhưng gần đây, bà theo đuổi lập trường chống Taliban, và lên tiếng kết án những hành động khủng bố của Taliban.

Lưu vong

Sau khi bị tổng thống Pakistan bãi nhiệm dựa trên những cáo buộc tham nhũng, đảng của Bhutto cũng thất bại trong kỳ tuyển cử tháng 10. Bhutto trở thành lãnh tụ phe đối lập trong khi Nawaz Sharif đảm nhiệm chức vụ thủ tướng trong ba năm kế tiếp. Đến kỳ bầu cử tổ chức vào tháng 10 năm 1993, liên minh PPP giành thắng lợi, và Bhutto trở lại nắm quyền. Đến năm 1996, chính phủ Bhutto lại bị giải tán về những cáo buộc tham nhũng. Năm 1998, Bhutto đến sống lưu vong ở Dubai.